O tratamento da gastrite em crianças é geralmente para remover a causa, o que pode ser feito através da inibição da secreção de ácido gástrico, utilizando inibidores da bomba de prótons ou inibidores do receptor H2, e também tomando medicamentos para proteger a mucosa gástrica. As crianças com refluxo podem ser tratadas com medicamentos como a morfolina, mas o tratamento anti-H. pylori não é recomendado.