Os sintomas clínicos da aspergilose pulmonar invasiva não são específicos, os sintomas iniciais podem incluir tosse, febre e hemoptise, e os pacientes com aspergilose pulmonar invasiva aguda têm frequentemente dispneia e hipoxemia.
Os doentes com aspergilose pulmonar são geralmente assintomáticos e são frequentemente detectados no exame físico. Os principais sintomas em doentes com aspergilose broncopulmonar alérgica são tosse, expectoração, sibilância, e também hipotermia, desperdício e mal-estar, e ocasionalmente tosse de coágulos de muco castanho semelhantes a geleia.