A principal base para a diferenciação entre a síndrome de Reye e a meningite séptica é o exame do líquido cefalorraquidiano, testes de função hepática, e testes bioquímicos do sangue.
Em doentes com meningite séptica, alterações inflamatórias são frequentemente encontradas no exame do líquido cefalorraquidiano, enquanto que no síndrome de Reye, a maioria dos testes de rotina do líquido cefalorraquidiano e bioquímicos são normais, excepto para o aumento da pressão do líquido cefalorraquidiano. Função hepática anormal, amónia sanguínea elevada e esteatose hepática estão frequentemente presentes na síndrome de Reye, mas isto não está presente na meningite séptica.