Nas mulheres, o hipogonadismo é geralmente causado por uma diminuição da função ovariana e por uma diminuição da produção de estrogénio e progesterona. A redução da produção de estrogénio e progesterona pode por vezes levar a uma diminuição da libido, diminuição do corrimento vaginal e mesmo a relações sexuais dolorosas e difíceis nas mulheres. Para esta condição, o teste da hormona sexual feminina 6 e a função da tiróide são verificados.