Clinicamente, a gastroscopia permite observar lesões no esófago, no estômago, no bulbo do duodeno e na parte descendente, como gastrite, úlcera gástrica, úlcera duodenal, cancro gástrico, etc. A colonoscopia pode ser efectuada para observar lesões no intestino, como pólipos intestinais, colite ulcerosa e tumores intestinais. A gastroscopia é feita através da boca para o esófago, estômago e chega ao duodeno. Pode detetar lesões nas partes bulbosas e descendentes do esófago, do estômago e do duodeno. Podem ser observadas esofagite, esofagite de refluxo, tumores do esófago, úlceras do esófago, mas também gastrite crónica, gastrite atrófica crónica, úlceras pépticas, pólipos gástricos, tumores gástricos e outras lesões. A enteroscopia é efectuada através do ânus e atinge a válvula ileocecal. Permite visualizar o trato digestivo, como a presença de inflamação da mucosa do cólon ascendente, do cólon transverso, do cólon descendente e do cólon sigmoide, bem como pólipos intestinais, colite ulcerosa, tumores intestinais, hemorragia gastrointestinal, entre outras doenças. Antes da realização da gastroenteroscopia, deve ser efectuado um exame de rotina e deve ser proibido o jejum e a ingestão de água antes do exame. Se houver algum desconforto evidente durante o exame, o médico deve ser informado imediatamente.