Os principais sintomas da endometriose são dor abdominal inferior, dismenorreia, infertilidade, desconforto durante a relação sexual e menstruação anormal. O tratamento visa encolher e remover lesões, reduzir e controlar a dor, tratar e promover a fertilidade, e prevenir e reduzir a recorrência. Os pacientes com lesões leves com sintomas leves ou sem sintomas podem ser tratados com expectativa, tais como revisão regular e gestão sintomática da dismenorreia leve causada pela lesão com anti-inflamatórios não esteróides, tais como indometacina, diclofenaco e ibuprofeno. Contudo, a terapia expectante não é geralmente indicada para pacientes que desejam ter filhos. A gravidez deve ser induzida o mais cedo possível, após o que as lesões endometriais ectópicas encolherão e os sintomas serão aliviados ou mesmo curados após o parto. Contudo, os AINE só podem aliviar os sintomas e não podem parar a progressão da doença. Os medicamentos hormonais tais como contraceptivos orais, progesterona, mifepristona, progesterona e danazol podem ser utilizados para controlar os sintomas e retardar a progressão da doença, bem como para reduzir as complicações cirúrgicas e prevenir a recidiva pós-operatória. Para pacientes com cistos de endometriose cujos sintomas não se resolvem após a medicação, cujas lesões localizadas pioraram, cuja fertilidade não foi restaurada ou que são grandes, é necessário um tratamento cirúrgico. A cirurgia laparoscópica é actualmente preferida e os procedimentos cirúrgicos habitualmente utilizados incluem a cirurgia para preservar a fertilidade, a cirurgia para preservar a função ovárica e a cirurgia radical. Três a seis meses antes da cirurgia, a medicação é normalmente necessária para reduzir a extensão da cirurgia através da primeira diminuição da lesão. Para pacientes com cirurgia conservadora, cirurgia incompleta ou alívio da dor pós-operatória, é necessária medicação durante 6 meses pós-operatórios para atrasar a recidiva.