A causa exacta do eritema tóxico neonatal não é conhecida, mas tem sido especulado que pode estar relacionado com alergias ou alimentos, ou que pode estar relacionado com a coexistência de microrganismos na pele, e mais recentemente tem sido sugerido que o eritema tóxico neonatal pode ser uma resposta imunológica localizada relacionada com a maturação e desenvolvimento do sistema imunitário. A condição geralmente resolve-se espontaneamente dentro de cerca de uma semana e os pais não precisam de se preocupar muito com isso.