As principais causas clínicas de micção dolorosa são infecções do tracto urinário, pedras urinárias, tumores do tracto urinário, tuberculose do tracto geniturinário, prostatite, orquite aguda e epididimite, que podem ser inicialmente determinadas pelas diferentes fases da micção. Se a dor estiver presente no início da micção, é possível que a condição seja uma uretrite aguda. Se a dor estiver presente no final da micção, pode ser uma cistite aguda. Se houver dor após a micção, pode ser peri-cistite ou prostatite. Se houver uma interrupção do fluxo de urina e dor durante a micção, pode tratar-se de uma pedra uretral. Se um paciente idoso do sexo masculino tiver uma micção dolorosa e apresentar sintomas como urinação incompleta e micção frequente na vida normal, é possível que o aumento da próstata seja combinado com uma infecção do tracto urinário. Recomenda-se que o doente seja submetido a um rastreio preliminar do ultra-som do tracto urinário e da rotina urinária para excluir causas específicas, mantendo ao mesmo tempo uma ingestão adequada de água, micção atempada, e não ingerir uma dieta picante e estimulante para evitar agravar a condição, e para proporcionar um tratamento razoável através de resultados de exames específicos.