No caso de trombose do tronco cerebral, se a trombose for considerada pequena e puder ser tratada rápida e correctamente nas fases iniciais, o paciente pode ser curado clinicamente. Se o paciente tiver um trombo maior, os sinais e sintomas gerais são mais graves e podem causar a morte e o paciente pode ser deixado com certas complicações e sequelas. Se a trombólise for utilizada dentro de seis horas após o início, a embolia pode ser dissolvida e o fluxo sanguíneo cerebral pode ser restaurado manualmente, e alguns pacientes podem ser clinicamente curados. Alguns pacientes podem também ter sequelas devido à não dissolução da embolia, o que pode levar a hemorragia cerebral e pode causar a morte. Se o paciente não for tratado com trombólise, o objectivo principal do tratamento é a protecção cerebral e a melhoria dos sinais e sintomas somáticos, e o paciente pode ficar com certas sequelas ou complicações.