As desvantagens do balão farmacológico incluem apoio insuficiente e complicações durante o procedimento.
1) Apoio insuficiente: para o vaso sanguíneo doente, uma vez que o balão farmacológico não consegue colocar o dispositivo implantado no interior do vaso sanguíneo coronário, o apoio será insuficiente e, em comparação com o stent, a estenose do vaso sanguíneo pode voltar a ocorrer.
2. complicações do procedimento: quando o balão farmacológico é necessário para dilatar a área doente, pode ser excessivamente dilatado, o que é propenso a complicações relacionadas com a rutura do aprisionamento vascular, oclusão aguda da artéria coronária e assim por diante.
Assim, a utilização de um stent ou de um balão farmacológico requer a apreciação de um médico profissional que, de acordo com o estado do doente, escolha o plano de tratamento mais adequado.