Clinicamente, o gel de metronidazol é utilizado sobretudo para o tratamento de pápulas inflamatórias, pústulas e outras doenças, mas tem um certo efeito terapêutico em determinados tipos de vaginite e outras doenças ginecológicas. Devido ao facto de o gel de metronidazol nos componentes do medicamento poder inibir o metabolismo bacteriano, promover a sua morte, ao mesmo tempo que existe também uma certa bactéria anti-anaeróbia, habitualmente utilizada no tratamento de doenças dermatológicas, tais como borbulhas inflamatórias, pústulas, eritema da rosácea, etc., mas também pode ser utilizada para o tratamento da vaginite por tricomoníase, vaginose bacteriana e devido a infecções bacterianas anaeróbias causadas pela inflamação do colo uterino, etc. Normalmente, a eficácia das doenças ginecológicas acima mencionadas é limitada pela aplicação de gel de metronidazol isolado, pelo que é frequentemente necessário efetuar simultaneamente um tratamento com metronidazol oral. A fim de garantir a eficácia do gel de metronidazol, os doentes devem utilizar água morna para limpar o períneo antes de utilizarem o medicamento, sendo proibida a utilização por mulheres grávidas e lactantes. Recomenda-se seguir as instruções do médico para aplicar o gel de metronidazol e não utilizar o medicamento por conta própria.