A escolha da colonoscopia deve ser feita caso a caso.
Por exemplo, pacientes jovens com menos de 40 anos de idade podem ser observados com acompanhamento regular quando não há desperdício, pus e sangue nas fezes e um teste negativo de rotina às fezes; pacientes com mais de 40 anos de idade com diarreia crónica a longo prazo, especialmente se houver perda de peso, massa abdominal ou dor de pressão significativa, sangue nas fezes ou um teste de sangue oculto positivo nas fezes, devem ser submetidos rotineiramente a colonoscopia.