A gastroscopia não é geralmente contagiosa, antes da realização da gastroscopia para despiste de doenças infecciosas, a gastroscopia após o instrumento será submetida a um tratamento de desinfeção específico. Antes de efetuar uma gastroscopia, o médico pede ao examinando que faça uma análise ao sangue para excluir doenças infecciosas como a hepatite B viral, a hepatite C viral, etc., e para excluir doenças infecciosas como a SIDA, bem como a sífilis, etc., e se houver pessoas com estas doenças, o gastroscópio é normalmente submetido a um processo de esterilização específico. Depois de o espelho estar pronto, é colocado numa sala de esterilização especial para ser esterilizado, e o espelho esterilizado é colocado num carrinho esterilizado para garantir que uma pessoa e um espelho estejam disponíveis para o examinando utilizar, pelo que este sistema de esterilização é muito perfeito e, normalmente, não há fenómeno de infeção cruzada. Os instrumentos em todo o centro de endoscopia são desinfectados através de uma esterilização rigorosa, as doenças infecciosas são excluídas antes de serem examinadas e os instrumentos depois de serem examinados são preparados para uma esterilização completa, pelo que a gastroscopia geralmente não apresenta o fenómeno das doenças infecciosas.