Na maioria dos casos, os antibióticos sistémicos não são necessários na prática endodôntica. Nalguns casos, pode ser necessária uma dose de antibióticos, tais como abcessos periapicais agudos com alguns sintomas sistémicos; infecções intersticiais; ou medicação profiláctica em condições sistémicas deficientes. Para pacientes com sintomas sistémicos, o principal tratamento é remover a fonte da infecção (limpeza do canal radicular infectado), o que geralmente é feito com preparação química e mecânica adequada do canal radicular infectado para aliviar eficazmente os sintomas clínicos do paciente, e a drenagem científica também pode aliviar rapidamente o desconforto clínico do paciente. Se os sintomas do doente piorarem após estes tratamentos, os antibióticos podem ser aplicados conforme apropriado. Os antibióticos podem ser indicados nos casos em que o paciente já tenha sido submetido à preparação e desinfecção do canal radicular e continue a apresentar sintomas sistémicos tais como febre alta persistente, desconforto intenso, celulite, fecho dentário, inchaço persistente e significativo. Sempre que possível, os antibióticos devem ser administrados ao doente após identificação das espécies bacterianas infectantes e testes adequados de sensibilidade aos antibióticos. Em alguns casos, podem ser necessários antibióticos profiláticos e o doente deve ser consultado para aconselhamento por um especialista na doença relevante. Estes incluem doentes que são cronicamente imunossuprimidos após transplante de órgãos, doentes imunocomprometidos, diabéticos, doentes subnutridos e hemofílicos. O regime profilático é: Amoxicilina 2g uma hora antes do tratamento do canal radicular, ou se o paciente for alérgico à Amoxicilina, cefadroxil 600mg. Não defendemos o uso de antibióticos nos seguintes casos: pulpite, inflamação periapical aguda, e incisão periapical do abcesso sem sintomas sistémicos. Em geral, a aplicação de antibióticos está contra-indicada em casos com imunidade normal e sem sinais clínicos óbvios de infecção, inchaço, etc.