Os casos ligeiros de hipoxia cerebral podem ser tratados com medicamentos que nutrem as células cerebrais, tais como os gangliosídeos e o factor de crescimento dos nervos dos ratos. Em casos graves, o bebé terá de ser tratado com medicamentos que alimentam células cerebrais e, se necessário, terapia hiperbárica de oxigénio ou terapia subcrítica de oxigénio. Em recém-nascidos com hipoxia cerebral, o prognóstico é geralmente bom se o grau de hipoxia não for muito severo e não houver sequelas. Se o grau de hipoxia for mais grave, é pouco provável que cicatrize por si só e exigirá medicamentos para alimentar as células cerebrais, e pode haver sequelas tais como retardamento mental, epilepsia ou mesmo paralisia cerebral.