Nalguns casos, as mulheres que atingiram uma idade em que não têm menstruação ou que têm menopausa antes de terem idade suficiente, é importante considerar se a causa é a atresia vaginal. Existem dois tipos de atresia vaginal: atresia vaginal completa e atresia vaginal incompleta. A maioria dos casos de atresia vaginal completa deve-se a anomalias congénitas, ou seja, o desenvolvimento da doente é afetado durante a fase materna, quer por problemas cromossómicos genéticos, quer por medicamentos tomados pela mãe, resultando num útero anormalmente subdesenvolvido, o que normalmente resulta na ausência de menstruação após a puberdade e pode ser acompanhado por dores periódicas no baixo ventre. A maioria dos casos de atresia vaginal incompleta é adquirida, normalmente como resultado de traumas de parto, traumas cirúrgicos, medicamentos cáusticos, infecções vaginais, estenose vaginal parcial ou um pequeno orifício no centro da vagina. Algumas doentes com atresia vaginal incompleta podem continuar a menstruar, mas o volume da menstruação pode ser significativamente reduzido e pode haver dor abdominal. Isto requer um tratamento sistemático para evitar que a doença se agrave. As causas da atresia vaginal podem ser tanto congénitas como adquiridas, mas de qualquer forma pode ser devastadora para a saúde da mulher e é aconselhável procurar tratamento médico se desenvolver atresia vaginal.