Para pacientes com conjuntivite, especialmente conjuntivite aguda, o principal tratamento é a medicação tópica, com diferentes medicamentos escolhidos para diferentes tipos de inflamação. Para infecções bacterianas, são utilizados colírios antibióticos sensíveis, tais como colírios levofloxacina, ofloxacina e gotas oftálmicas gatifloxacina. Para infecções bacterianas, é utilizada pomada antibiótica ocular na hora de dormir para prevenir aderências devidas a secreções elevadas do saco conjuntival. Outras gotas oculares comummente utilizadas para conjuntivite viral são gotas oculares de aciclovir e de ganciclovir, etc. Também estão disponíveis pomadas para os olhos, pomada para os olhos de aciclovir e pomada para os olhos de ganciclovir. Para a conjuntivite aguda é importante prestar atenção às manchas tópicas frequentes, manchando o saco conjuntival para permitir que a medicação ocular seja totalmente absorvida e tenha o máximo efeito. Usar também a pomada para os olhos à noite para manter a sua eficácia e para manter o isolamento.