O prognóstico do antrax está directamente relacionado com a disponibilidade de diagnóstico e tratamento atempado e eficaz. Os doentes com carbúnculo estão frequentemente gravemente doentes e podem sofrer de sepse e choque infeccioso, e ocasionalmente de meningite, e se não forem diagnosticados e resgatados a tempo, morrem frequentemente de insuficiência respiratória e circulatória após o início dos sintomas agudos.
Se tratados rápida e agressivamente, quase todos os pacientes com antrax cutâneo sobrevivem; mais de metade dos pacientes com antrax inalatório sobrevivem; e 60% dos pacientes com antrax gastrointestinal sobrevivem.