Tomar medicamentos para abcessos perianais só pode aliviar temporariamente os sintomas clínicos do paciente, mas não curar o abcesso perianal. Na prática clínica, o tratamento dos abcessos perianais inclui tanto o tratamento não cirúrgico como o cirúrgico. O tratamento não cirúrgico consiste principalmente em antibioticoterapia, que é geralmente eficaz contra bactérias gram-negativas, e os pacientes podem tomar banhos de água quente e fisioterapia local, e em alguns casos os pacientes podem mesmo tomar laxantes orais e óleo de parafina para reduzir a dor anal durante a defecação. Uma vez diagnosticado a um paciente um abcesso perianal, recomenda-se que o abcesso seja drenado por incisão ou cirurgia radical o mais cedo possível. O procedimento cirúrgico varia em função da localização do abcesso. Em geral, os pacientes com abcessos perianais pouco profundos terão uma incisão menor e recuperarão mais rapidamente; se o abcesso perianal for mais profundo, a incisão será maior e a recuperação será mais lenta.