Se for evidente que a distensão abdominal inferior é causada pela doença de Crohn, geralmente é tratada com medicamentos.
A fase activa requer controlo da resposta inflamatória com aminosalicilatos, glicocorticóides, imunossupressores (por exemplo, azatioprina) e, em caso de infecção, tratamento com antibióticos. Os antibióticos mais utilizados são os nitroimidazóis e as quinolonas.
Se em remissão e sintomas não forem significativos, o tratamento de manutenção com medicamentos como azatioprina, mercaptopurina e infliximab pode ser utilizado durante um período de tempo mais longo.
Apenas algumas pessoas com complicações graves, tais como o desenvolvimento de obstrução intestinal ou hemorragia intensa, necessitarão de tratamento cirúrgico.