Para as crianças que não responderam ao tratamento conservador, ou que estão além da idade do tratamento conservador no momento da apresentação, um diagnóstico de miotrabismo congénito exigirá uma cirurgia. A idade em que a cirurgia é considerada apropriada é de 1-2 anos, mas para além desta idade, o esmagamento miotónico pode levar a deformidades secundárias como a assimetria das bochechas e o estrabismo ocular. Estas deformidades secundárias continuarão a agravar-se com a idade, e mesmo após a cirurgia, é difícil para a criança voltar ao normal, causando arrependimento para toda a vida. Por conseguinte, os pais são aconselhados a contactar o seu médico imediatamente após o diagnóstico de miotrabismo congénito ao seu filho e a optar pela cirurgia. Em geral, quanto mais jovem for a criança no momento da cirurgia, menos grave é a deformidade secundária do rabisco, e melhor é o resultado da cirurgia.