Aproximadamente 40% de todas as crianças com bolhas meningoencefálicas atingirão um crescimento e desenvolvimento normais após tratamento cirúrgico, enquanto os restantes 60% podem ainda ter défices de desenvolvimento mental e/ou físico em graus variáveis, com o desenvolvimento intelectual e cognitivo inversamente relacionado com a quantidade de tecido neural funcional nas bolhas.
Globalmente, o prognóstico para crianças com bolhas meningoencefálicas anteriores é melhor do que o das crianças com lesões occipitais. Além disso, o prognóstico é menos favorável em crianças com outras condições de coexistência.