Os episódios de fibrilhação auricular com duração superior a 48 horas são propensos a trombose, e alguns doentes podem trombar com um episódio acidental. Os episódios de fibrilhação auricular com duração superior a 48 horas têm um risco significativamente maior de formação de trombos, o que pode levar a embolia arterial, mas os eventos de trombose variam acentuadamente de doente para doente. Alguns pacientes podem formar trombos a partir de episódios breves, e alguns pacientes têm FA prolongada sem necessariamente ter geração de trombos. Os pacientes com fibrilação atrial são propensos à estagnação do fluxo sangüíneo e à má circulação dentro dos átrios e correm um risco maior de trombose. Os pacientes com fibrilação atrial devem ser avaliados quanto ao risco de embolia, e aqueles com alto risco devem receber terapia anticoagulante para evitar embolia no sistema arterial. A fibrilhação auricular deve ser observada no hospital e, se necessário, deve ser administrada anticoagulação.