A epididimite crónica não é geralmente fatal, mas a dor e o desconforto crónicos e recorrentes podem afectar seriamente a qualidade de vida de um paciente. A epididimite crónica é conhecida por causar uma diminuição da qualidade de esperma. A epididimite crónica bilateral grave pode levar à obstrução dos canais deferentes, fazendo com que os doentes desenvolvam azoospermia obstrutiva, levando à infertilidade masculina.