Muitos bebés são muito susceptíveis a doenças, mas é difícil tomar medicamentos quando estão doentes, uma vez que algumas crianças vomitam depois de tomarem os medicamentos, ou simplesmente não os tomam, o que torna mais difícil o tratamento da doença. Em primeiro lugar, quando uma criança tem febre ou uma certa doença, a administração rectal é muitas vezes uma forma mais rápida de administrar medicação, e o efeito da administração rectal é relativamente bom. A medicação oral deve passar pelo fígado e intestinos antes de poder entrar na corrente sanguínea, o que pode ser prejudicial para o fígado, enquanto que a medicação rectal é absorvida rapidamente e não diminui a sua potência. É importante notar que antes da administração rectal, as fezes devem ser esvaziadas para evitar afectar o efeito da medicação. A administração rectal é efectivamente utilizada para estimular o peristaltismo intestinal, remover fezes e tem um efeito refrescante, embora esta seja uma boa terapia, é melhor não a utilizar com demasiada frequência, uma vez que pode afectar o tracto intestinal. Algumas crianças estão relutantes em tomar medicamentos oralmente e isto é quando a administração rectal pode ser utilizada para obter tratamento através da absorção de medicamentos pela mucosa intestinal. A administração rectal é mais segura e há poucos efeitos adversos para além dos efeitos secundários da própria medicação. A administração rectal é muito eficaz para condições específicas, tais como febres altas, distúrbios intestinais, etc. A administração rectal não deve ser utilizada cegamente para reduzir a febre, uma vez que isto pode levar a outras complicações.