O tempo exato que demora a desaparecer a flatulência neonatal está intimamente relacionado com a causa da flatulência neonatal e a maioria dos doentes desaparece em cerca de 1-2 semanas após terem sido tomadas medidas activas. Existem muitas causas de flatulência neonatal e o tempo de recuperação varia consoante a causa. No caso da flatulência intestinal causada por sucção excessiva ou por bebés chorões que inalam grandes quantidades de ar, esta pode desaparecer em 2-3 dias após a melhoria das práticas de amamentação. Se a flatulência for causada por uma perturbação da flora intestinal, melhora em cerca de 7 dias com medicação oral. Se a flatulência for causada por uma intolerância à lactose no recém-nascido, a recuperação pode demorar cerca de 2 semanas a 2 meses. Quando um recém-nascido desenvolve flatulência, os pais podem massajar a barriga do bebé no sentido dos ponteiros do relógio todos os dias para incentivar os movimentos intestinais. Se o recém-nascido for intolerante à lactose, terá de escolher uma fórmula sem lactose para o alimentar.