Os antibióticos para tratar bactérias e para tratar fungos são completamente diferentes. O antibiótico mais utilizado em ginecologia para tratar bactérias é o metronidazol, que é ineficaz contra fungos, e o Lactobacillus, que existe como uma flora normal e é também naturalmente resistente ao metronidazol, por isso para vaginites ou vaginose causada por bactérias anaeróbias, o metronidazol é o fármaco de eleição. Todos os outros tipos de antibióticos requerem geralmente uma avaliação cuidadosa e uma finalidade clara de utilização se forem necessários para a vaginite. Daflucan e Spironolactone são drogas comummente utilizadas para infecções fúngicas vaginais, embora outras drogas antifúngicas também possam ser utilizadas como opções, as quais são geralmente ineficazes contra bactérias comuns.