Há muitas causas de obstipação em recém-nascidos, incluindo práticas de alimentação, disfunção intestinal, doença e medicação. Se um recém-nascido não passar fezes nas 24 horas seguintes ao nascimento, o médico considerará a excreção retardada das fezes e a presença de certas condições que causam a obstipação, tais como anomalias do tracto digestivo, perturbações metabólicas, distúrbios neuroendócrinos e envenenamento. Além disso, certos medicamentos também podem causar obstipação em recém-nascidos, tais como opiáceos e fenobarbital.