A apendicite aguda em recém-nascidos tende a progredir rapidamente e, se não for tratada, pode facilmente levar a complicações com risco de vida, tais como perfuração do apêndice e peritonite difusa.
Como o tratamento conservador é frequentemente difícil de controlar, quase todos os casos de apendicite neonatal aguda requerem cirurgia, com o cirurgião a escolher entre apendicectomia laparoscópica ou apendicectomia aberta, dependendo da condição da criança. Para crianças difíceis de diagnosticar no pré-operatório, o cirurgião pode realizar uma cesariana para esclarecer o diagnóstico e tratá-lo o mais rapidamente possível.