Em doentes com esquistossomose pulmonar, recomenda-se o tratamento da patogénese com medicamentos assim que o diagnóstico seja claro. A principal razão para não utilizar a cirurgia como tratamento preferido aqui é que os doentes com esquistossomose pulmonar têm lesões pulmonares dispersas que não são passíveis de tratamento cirúrgico, e por isso são actualmente tratados principalmente com fármacos. O medicamento de escolha é o praziquantel, que é utilizado porque os efeitos secundários são suaves e podem ser tolerados pela maioria das pessoas. Por outro lado, o curso do tratamento do medicamento é relativamente curto, apenas 3 dias, e a maioria dos pacientes são capazes de aderir ao medicamento, e a adesão do paciente é melhor. Além disso, após a utilização deste fármaco, os pacientes podem obter bons resultados através da observação clínica, que mostram que a expectoração sanguínea desaparece, os ovos na expectoração tornam-se negativos, e as lesões pulmonares são bem absorvidas. Se o doente tiver derrame pleural, após tratamento praziquantel, o derrame pleural pode também ser significativamente reduzido, ou mesmo desaparecer. Para além do praziquantel, os doentes podem também utilizar albendazol para o tratamento patogénico, mas a duração da utilização é superior ao praziquantel, exigindo 7 dias de utilização contínua.