Existem riscos associados a qualquer intervenção cirúrgica e o grau de risco associado à cirurgia do timoma depende do grau de invasão, do tamanho do tumor, etc., não podendo ser generalizado. O timoma em si tem uma localização anatómica relativamente fixa e encontra-se numa zona de insegurança. A cirurgia do timoma é globalmente segura e o risco da cirurgia deve ser determinado em função do grau de invasão e do tamanho da lesão. Se o tumor do timoma for grande e ao mesmo tempo invasivo, invadindo alguns dos vasos sanguíneos, aumentará a dificuldade da cirurgia, que é uma cirurgia de grande porte e de risco relativamente mais elevado; se o tumor do timoma for pequeno, com limites claros e não invadir os vasos sanguíneos, será menos difícil de operar e o risco relativo da cirurgia será menor. Em conclusão, a cirurgia do timoma é uma cirurgia relativamente segura e a ressecção completa pode ser conseguida através de diferentes incisões e diferentes abordagens, mas existe um risco de recorrência após a cirurgia, pelo que deve ser efectuada uma revisão regular.