As amígdalas são um órgão imunitário do corpo com uma função fisiológica específica e são normalmente recomendadas para preservação. No entanto, devido a algumas das alterações mais complexas no corpo causadas por lesões das amígdalas, estas precisam de ser removidas. A remoção também é segura. Há duas razões para remover as amígdalas, a estreptococose recorrente é a principal razão para a amigdalectomia e possivelmente porque as amígdalas aumentadas podem bloquear directamente as vias respiratórias e causar apneia, uma vez que é seguro remover as amígdalas. Para além de algumas complicações potencialmente fatais, a remoção das amígdalas também pode causar efeitos secundários. Muitas pessoas sofrem de náuseas e vómitos, dor de garganta, dificuldade em engolir, febre baixa, mau hálito, dor de ouvidos e fadiga após o procedimento. Embora a remoção das amígdalas ajude geralmente a tratar algumas infecções crónicas, nem sempre é eficaz e as infecções estreptocócicas ainda podem ocorrer após a remoção das amígdalas, e as infecções não são normalmente piores após o procedimento do que eram antes do procedimento. À medida que os médicos vão compreendendo os perigos da apneia do sono, o número de amigdalectomias que estão a ser realizadas está a aumentar. A premissa é que existem indicações para o procedimento. Normalmente, os médicos não recomendam a remoção das amígdalas, mas se a doença afectar a saúde de uma pessoa, a remoção é o melhor caminho a seguir. Embora haja alguns efeitos adversos após a remoção, a remoção também eliminará algumas das complicações causadas pelas amígdalas recorrentes.