O tratamento da estomatite começa com a identificação da causa, removendo os factores causais e depois tratando a causa sistemicamente ou localmente. A estomatite é uma doença inflamatória que ocorre nos cantos da boca e pode manifestar-se como ruborização, rachadura, bolhas, ou crosta e descamação dos cantos da boca. A ceratite induzida pela má nutrição pode ser tratada com suplementos de vitamina B2, multivitaminas orais e cuidados locais reforçados da zona da córnea para a manter limpa. Pode-se aplicar uma compressa húmida tópica de 0,1% de lactato de ezacridina e pomada antibiótica como a povidona-iodo ou pomada de aureomicina. Se a distância intermaxilar for demasiado curta, a distância intermaxilar pode ser restaurada através de odontologia restaurativa ou tratamento ortodôntico. Também pode melhorar o seu sistema imunitário fazendo exercício físico. As infecções bacterianas podem ser tratadas com antibióticos tópicos tais como pomada de aureomicina ou pomada de eritromicina. A ceratite fúngica pode ser tratada com creme de miconazol tópico ou pomada de coagulograma. Para medicamentos específicos, consulte a entrevista do seu médico para orientação clínica.