O prognóstico da pneumonia neonatal é variável, mas a maioria dos recém-nascidos a termo bem tratados não tem sequelas, ao passo que os prematuros, a pneumonia grave e as infecções por agentes patogénicos específicos podem ter uma evolução prolongada, com possíveis sequelas ou mesmo risco de morte. O prognóstico da pneumonia neonatal está relacionado com a idade gestacional da criança, o organismo causador, a doença subjacente, a gravidade da doença e a abundância de recursos médicos. O prognóstico da pneumonia neonatal é geralmente bom, mas os recém-nascidos prematuros, com displasia broncopulmonar, doença cardíaca congénita, imunodeficiências e infecções por agentes patogénicos específicos, como Staphylococcus aureus resistente à meticilina, adenovírus e infecções pelo vírus sincicial respiratório, podem ter um curso prolongado da doença. Complicações como osteomielite séptica, sépsis, septicemia, meningite, etc. podem ocorrer durante a evolução da doença, deixando sequelas e até risco de morte. Por conseguinte, recomenda-se que a pneumonia neonatal seja hospitalizada atempadamente e tratada sob a orientação de um médico, sendo o prognóstico geralmente melhor, mas as complicações podem deixar sequelas, pelo que deve consultar o seu médico para mais informações.