Com base na incidência e abordagem cirúrgica, os tumores celulares formadores de esmalte precisam de ser diferenciados dos quistos queratósicos odontogénicos e outros quistos não queratósicos. Os quistos não queratados, tais como os quistos que contêm dentes, os quistos apicais, os quistos residuais e os quistos de fissura facial têm certas características em termos de localização, estrutura interna e apresentação clínica e não são difíceis de diferenciar do esmaloblastoma. A diferenciação entre esameloblastoma e queratocistos odontogénicos é um grande desafio no diagnóstico diferencial das lesões císticas dos maxilares devido às semelhanças no local de origem, morfologia e comportamento biológico das lesões, e porque o tratamento destes quistos é diferente do tratamento de outros não queratocistos. O esmaloblastoma é mais agressivo do que os quistos queratinizados, causando mais destruição do osso circundante do que os quistos queratinizados e tendendo a invadir os tecidos moles circundantes. A reabsorção radicular nos esameloblastomas é mais frequentemente serrilhada ou truncada, resultando na perda dos dentes adjacentes, enquanto que a reabsorção radicular nos queratocistos é mais frequentemente oblíqua e resulta menos frequentemente na perda dos dentes adjacentes. Os tumores celulares do esmalte tendem a ser císticos e sólidos, de parede irregularmente espessa, com projecções papilares ou nódulos de parede; os quistos queratinizados são puramente císticos e de parede uniformemente fina. O septo é frequentemente composto por tecido mole com um pequeno componente ósseo e é mais espesso. O sinal de RM da porção cística dos enameloplasmas é na sua maioria sinais T1 e T2 longos, por vezes com sinais T1 curtos vistos em hemorragia intracapsular; o sinal T2 do conteúdo cístico dos cistos queratinizados é significativamente inferior ao dos enameloplasmas devido à sua riqueza em proteínas queratinizadas e cristais sólidos de colesterol, e este sinal é considerado uma característica importante na diferenciação da natureza do fluido cístico entre os dois. A parede do cisto, os compartimentos, as papilas e os nódulos de parede dos cistos formadores de esmalte são significativamente melhorados, quer em CT quer em MR, enquanto que a parede e os compartimentos dos cistos queratósicos não são melhorados.