O tratamento clínico da diarreia neonatal utiliza frequentemente dois medicamentos, probióticos e montelukast, que regulam a flora intestinal, aumentam as bactérias benéficas no intestino e inibem a invasão de outros agentes patogénicos nocivos e o crescimento de novas bactérias.
Montelukast é na realidade um agente protector da mucosa intestinal, o principal componente é o montelukast, que actua como uma barreira protectora e é principalmente utilizado quando existe uma grande quantidade de fezes aquosas, a droga pode inibir a produção excessiva de fluido intestinal, reduzir a perda de fluido, adsorver toxinas intestinais até certo ponto, e esta droga funciona localmente para ser excretada através do intestino e não é absorvida pela circulação sanguínea.