A maioria dos casos de fezes irregulares é causada por perturbações gastrointestinais, tais como gastroenterite ou dispepsia, e a maioria destas perturbações pode melhorar gradualmente com tratamentos sintomáticos, tais como substituição de fluidos e repouso.
Existem também algumas fezes crónicas irregulares causadas por tumores benignos e malignos do tracto intestinal, doenças sistémicas como o hipertiroidismo e o lúpus eritematoso sistémico, que podem ser tratadas após consulta ao departamento de medicina interna para esclarecer a causa.