As amígdalas são um órgão imunitário activo durante a infância, contendo linfócitos em todas as fases de desenvolvimento, que têm tanto um papel imunitário humoral, produzindo imunoglobulinas, como um papel imunitário celular. Desempenha um papel de defesa mais importante do que na vida adulta. No entanto, a principal causa da síndrome de hipoventilação da apneia do sono obstrutiva infantil é o aumento das amígdalas e adenoides, e estudos realizados em casa e no estrangeiro confirmaram que a HS OSA em crianças afecta gravemente o seu crescimento e desenvolvimento e pode causar dificuldades de reconhecimento e comportamento. A remoção das amígdalas aumentadas é, portanto, um tratamento de rotina e eficaz, mas ainda é controverso se causa deficiência da função imunológica em crianças. A maioria dos estudos actuais foram realizados em crianças com mais de 5 anos de idade e descobriram que a função imunológica diminuiu a curto prazo (dentro de 1 mês) e recuperou 3 meses após a cirurgia, testando as indicações imunológicas tais como imunoglobulinas séricas em crianças antes, 1 mês e 3 meses após a cirurgia. Num estudo de 20 anos no estrangeiro, não foi encontrado qualquer efeito no desenvolvimento imunitário em crianças que foram submetidas a amigdalectomia na infância, pelo que é agora considerado um procedimento seguro para crianças que são elegíveis para a remoção das suas amígdalas.