Mycoplasma pneumoniae é tratado com antibióticos macrolídeos, aos quais Mycoplasma pneumoniae é mais sensível, e os macrolídeos continuam a ser o tratamento preferido para Mycoplasma pneumoniae. A primeira escolha é a azitromicina, que pode ser administrada oralmente uma vez por dia e é muito conveniente. Os efeitos secundários da azitromicina são principalmente reacções gastrointestinais, tais como náuseas e dores abdominais, e os sintomas de lesões hepáticas são menos comuns. A clássica macrólida roxitromicina também pode ser utilizada, que tem uma reacção gastrointestinal mais pronunciada do que a azitromicina. A pneumonia por micoplasma também pode ser tratada com tetraciclinas como a doxiciclina e a minociclina, o maior efeito secundário destes medicamentos é que afectam o desenvolvimento normal dos dentes e dos ossos. Por conseguinte, é proibido para crianças com menos de 8 anos de idade e mulheres grávidas. A pneumonia por micoplasma também pode ser tratada com antibióticos de quinolonas, como a levofloxacina e a moxifloxacina, que são proibidos para menores de 18 anos e mulheres grávidas porque afectam o desenvolvimento da cartilagem.