A bronquite pode ser causada por bactérias, bem como por outros microrganismos patogénicos. Bronquiectasia causada por bactérias é tratada clinicamente por terapia anti-infecciosa activa na fase aguda. A escolha dos antibióticos baseia-se no tipo de microrganismo patogénico, incluindo penicilinas, cefalosporinas, macrolídeos, quinolonas e outros antibióticos que são frequentemente utilizados em clínicas ambulatórias. Outro aspecto da utilização de antibióticos é prestar atenção ao espectro antibiótico, à capacidade do antibiótico de penetrar no corpo, às reacções adversas causadas pelo antibiótico e, mais importante ainda, à potência e farmacocinética do antibiótico quando este entra no corpo. Finalmente, o uso de antibióticos para a bronquiectasia é também importante e deve ser dada especial atenção à cultura de bronquiectasia de longa data, de modo a que os antibióticos possam ser seleccionados de uma forma orientada.