O excesso de líquido amniótico pode indicar algum grau de anormalidade estrutural de desenvolvimento no feto, e quando há um aumento do líquido amniótico, aproximadamente 5% dos fetos terão anomalias estruturais significativas. A maior parte do líquido amniótico é produzido a partir da urina do feto, que é produzida num equilíbrio dinâmico enquanto o feto está no útero. Se durante este processo o feto só pode urinar mas não pode engolir, por exemplo, se houver uma obstrução do tracto digestivo, ou seja, um desenvolvimento anormal do tracto digestivo, o líquido amniótico irá aumentar. É por isso que é importante suspeitar primeiro de anomalias de desenvolvimento fetal em casos de fluido amniótico excessivo, o mais comum dos quais é a obstrução do tracto digestivo. Além disso, as anomalias do sistema nervoso central fetal devem ser consideradas. As mais comuns são a anencefalia e a protuberância cerebrospinal, que também podem causar excesso de líquido amniótico porque as membranas cerebroespinhais expostas são permeáveis a grandes quantidades de líquido. É por isso que é necessário um rastreio ultra-sonográfico detalhado das malformações para excluir anomalias estruturais em todos os aspectos do feto na presença de líquido amniótico excessivo.