Actualmente, os principais medicamentos utilizados para tratar o hipertiroidismo na gravidez incluem o propiltiouracil (PTU) e o methimazole (MMI). Ambas as classes de medicamentos têm riscos teratogénicos e a dose eficaz mais baixa deve ser escolhida de acordo com a condição do paciente para reduzir o risco teratogénico.
Como o risco teratogénico do propiltiouracil é inferior ao do methimazol, o propiltiouracil é geralmente escolhido no início da gravidez (1 a 3 meses), o período sensível teratogénico. Uma vez que a PTU pode causar danos hepáticos e mesmo insuficiência hepática aguda, recomenda-se a sua utilização apenas no início da gravidez e a função hepática deve ser verificada regularmente durante a sua utilização; o methimazol é escolhido em meados do trimestre (4 a 6 meses) e no final da gravidez (7 a 9 meses).