O tratamento mais rápido para a amigdalite séptica pediátrica é a administração intravenosa de antibióticos sensíveis, mas isto não é recomendado a não ser que seja necessário.
Actualmente, a amígdalite séptica pediátrica depende fortemente do tratamento com antibióticos. Os pais devem levar o seu filho ao médico prontamente para completar um teste de cultura bacteriana e um rastreio para antibióticos sensíveis para o tratamento de acção mais rápida.
Há duas formas principais de tomar antibióticos, por via oral e por infusão. As infusões são muito mais eficazes do que o tratamento oral, mas tendem a causar a entrada de impurezas na circulação e a aumentar a probabilidade de um episódio trombótico distante. Por conseguinte, a terapia de infusão não é recomendada para casos não essenciais.
Além disso, a amigdalite purulenta pediátrica caracteriza-se por uma elevada taxa de recidiva. Os pacientes com episódios recorrentes da doença que afectam gravemente a função respiratória, ou que progrediram para uma amigdalite crónica, podem ter as suas amígdalas removidas sob supervisão médica, o que pode remover a causa raiz da doença de uma só vez.