Se o baixo fluxo menstrual for devido à anovulação, pode ser administrada progesterona durante a segunda metade do período menstrual para retirar o sangue. Se o baixo fluxo menstrual for devido a danos no endométrio, tais como aborto, curetagem, tuboscopia ou histeroscopia, será necessária mais histeroscopia para clarificar o diagnóstico e, se necessário, estrogénio pode ser considerado para fazer crescer o endométrio. Se o baixo fluxo menstrual for devido à destruição por Mycobacterium tuberculosis, neste caso, é necessária uma nova consulta com o departamento de tuberculose para o tratamento. Se o fluxo menstrual for baixo e o doente não necessitar de fertilidade, não poderá ser necessário qualquer tratamento especial neste caso, mas apenas se a temperatura corporal basal for monitorizada e bifásica.