A emese neonatal pode ser tratada das seguintes formas: Em primeiro lugar, tratamento imediato das infecções do sistema nervoso central em recém-nascidos. Em alguns casos, a emese é causada por uma infecção do sistema nervoso central, resultando num aumento significativo da pressão intracraniana. Isto porque a pressão intracraniana aumenta significativamente após uma infecção neonatal, levando à sonolência e ao choro. Neste caso, o recém-nascido pode cuspir leite e deve ser tratado prontamente com medicamentos de cefalosporina III para combater a infecção. Em segundo lugar, é causada por doenças cirúrgicas do tracto digestivo. Por exemplo, a obstrução intestinal, intussuscepção ou hipertrofia congénita do piloro também pode causar vómitos a jacto em recém-nascidos. Os pais devem levar os seus recém-nascidos a um cirurgião para uma rápida gestão cirúrgica.