O principal tratamento para a cistite aguda é dar um tratamento anti-infeccioso. Medicamentos comuns incluem bicarbonato de sódio, furantoína, ofloxacina, amoxicilina, sulfametoxazol e cefalosporinas. Os pacientes devem também fazer exercício físico regular e aumentar a quantidade de água que bebem, o que tem um efeito positivo na cura.