As bactérias patogénicas mais comuns na umbiliculite neonatal são o Staphylococcus aureus, mas também o Staphylococcus epidermidis, Escherichia coli e Klebsiella pneumoniae. O Staphylococcus aureus é resistente a muitos antibióticos e pode levar à sepsis em infecções graves; Escherichia coli pode facilmente invadir a corrente sanguínea a partir do coto umbilical e pode facilmente levar à sepsis. Portanto, a infecção umbilical neonatal deve ser tratada com antibióticos o mais depressa possível, caso contrário pode levar à sepsis, o que pode ser fatal.