A atropina de baixa concentração tem efeitos secundários no tratamento da miopia. Actualmente, a atropina de baixa concentração está gradualmente a tornar-se a droga de primeira linha para o controlo da miopia em adolescentes. Em comparação com a atropina de média concentração 0,5% e a atropina de maior concentração 1% utilizadas no passado, a atropina de baixa concentração com uma composição de droga de apenas 0,01% é relativamente mais segura.
Contudo, há alguns pacientes que demonstraram efeitos secundários ligeiros ou graves com baixas concentrações de atropina. Estes incluem visão turva, visão diminuída, fotofobia, transpiração excessiva, congestão ocular, boca seca e garganta seca.
Vale a pena notar que a baixa concentração de atropina só é indicada para o tratamento da pseudomielite e não tem efeito terapêutico sobre a miopia verdadeira. Há também alguns pacientes na clínica que não têm qualquer efeito de controlo significativo, mesmo com intervenção de tratamento com atropina de alta concentração.