Os principais métodos de tratamento dos pólipos anais são actualmente a medicação, e a cirurgia. Os pólipos anais que estão próximos do ânus e são suficientemente pequenos para não interferirem com os movimentos normais do intestino podem ser tratados por métodos conservadores de tratamento. A limpeza frequente à volta do ânus com permanganato de potássio ou soro fisiológico é utilizada para acelerar a circulação sanguínea à volta do ânus e permitir que o pólipo encolha naturalmente, enquanto o creme de hemorróidas é aplicado para tratamento. Se o pólipo for suficientemente grande para interferir com os movimentos intestinais normais, terá de ser tratado por remoção cirúrgica. A abertura anal é aumentada por meio de um dilatador anal e o pólipo é removido ligando a raiz do pólipo, bem como cortando o fornecimento de sangue. Deve ser dada especial atenção à medicação anti-inflamatória oral após os pontos para prevenir a infecção na ferida.