Alguns pacientes precisam dele. O tratamento cirúrgico é principalmente utilizado para bebés com obstipação causada por patologias orgânicas, tais como megacólon congénito, malformações anorretais congénitas, embolia da medula espinal e inchaço espinal, que são difíceis de curar com condicionamento geral e devem ser agressivamente corrigidas cirurgicamente.